Chi erano il Professor X e Magneto prima di diventare tali? Il primo, Charles Xavier (James McAvoy), un brillante genetista, potente telepate che sin dalla giovane età sogna la completa integrazione tra gli esseri umani e i mutanti. Il secondo, Erik Lehnsherr (Michael Fassbender), capace di governare le forze elettromagnetiche, un uomo ferito e in cerca di vendetta dopo aver assistito, da bambino, all'uccisione della madre in un campo di sterminio nella Polonia del 1944. Si incontrano nei primi anni '60, fianco a fianco saranno determinanti nella Baia dei porci per impedire lo scoppio della guerra nucleare tra USA e URSS. A separarli, definitivamente (?), la diversa ideologia che ne caratterizza le personalità: da una parte (Xavier) la volontà di proseguire sulla strada dell'integrazione tra homo sapiens e homo superior, dall'altra (Lehnsherr) la convinzione che solo l'affrancamento rispetto agli esseri umani e la supremazia sugli stessi potrà garantire un futuro ai mutanti.
Reduce dal notevole Kick-Ass, altro adattamento di una serie a fumetti per il grande schermo, Matthew Vaughn si serve dello script di Jane Goldman, Jamie  Moss, Ashley Miller, Zack Stentz e del soggetto di Bryan Singer (regista dei primi due X-Men) per tornare alle origini della serie (forse meglio di quanto avvenuto con il recente spin-off di Gavin Hood su Wolverine, qui presente in un divertente cammeo), insistendo molto sull'irrisolvibile questione che, di fatto, contraddistingue alla radice l'universo marveliano degli X-Men (il nascondere o meno al mondo l'esistenza dei mutanti, la vergogna iniziale di personaggi come Mystica, qui Jennifer Lawrence, contrapposta allo slogan xavieriano "mutante e fiero") e puntando forte sulla suggestione dell'ucronia (come già Snyder fece con successo in Watchmen, operazione comunque diversissima) per tentare di rintracciare anche nella Storia (dal nazismo allo spettro della guerra termonucleare) elementi tesi a definire lo spessore dei vari personaggi e del contesto che ne ospita la formazione.
Non a caso, il vero villain dell'episodio, bersaglio centrale della sete di vendetta del futuro Magneto ma al tempo stesso "creatore" che, per primo, intuì le potenzialità del ragazzo, è Sebastian Shaw (Kevin Bacon), mutante in grado di assorbire energia cinetica e riconvertirla in forza esplosiva, interessato al conflitto perpetuo tra gli umani per potersi arricchire indefinitamente e controllare il pianeta: supereroi e supercattivi si nascondono dietro i più grandi eventi della nostra storia. Regolando in maniera decisiva gli equilibri geopolitici, ritrovandosi in un prossimo futuro a doversi schierare gli uni contro gli altri: da una parte gli studenti mutanti della scuola del Professor X, dall'altra l'esercito della Confraternita dei mutanti malvagi fondata da Magneto.