Dopo il conflitto finale, gli X-Men tornano alle origini: ancor prima della "guerra" fra Xavier e Magneto, quando i mutanti erano sfruttati dal governo per formare il micidiale Team X, gruppo di militari sotto copertura composto da esseri umani con doti straordinarie. Quando Logan (Jackman, anche produttore) decide di abbandonarli perché non più convinto della bontà delle loro azioni, la gelosia di Victor Creed / Sabretooth (Liev Schreiber) - nel film si sposa la teoria, dibattuta più volte dai fan Marvel, che sia suo fratello... - è sfruttata dal cinico Stryker per raggirare Logan e convincerlo a fondersi con l'adamantio per diventare la più potente arma da guerra mai realizzata: Wolverine.
Tradimento, amori perduti e menzogna: questo il substrato di quello che a tutti gli effetti può essere considerato il prequel della trilogia sugli X-Men, diretto da un insolito Gavin Hood (premio Oscar per Il suo nome è Tsotsi), come da titolo incentrato sulla figura dell'artigliato mutante - con il quale ormai Jackman è in simbiosi pressoché totale - ma tutto sommato utile (anche se filologicamente non ineccepibile) riduzione cinematografica per capire come tutto abbia avuto inizio, con i mutanti catturati e reclusi per essere trasformati nella micidiale Arma X.