Argentina, 1979. Il dodicenne Juan torna a Buenos Aires con la famiglia, sotto falsa identità, dopo aver trascorso alcuni anni in esilio. Madre, padre e lo zio Beto fanno parte dei Montoneros, organizzazione che sfida il potere della dittatura militare. E il piccolo Juan, per continuare a garantire la sicurezza sua e dei familiari, sarà per tutti Ernesto: per i compagni di scuola e per Maria, ragazza della quale ben presto finirà per innamorarsi.
Si affida ai ricordi della propria infanzia, Benjamín Ávila, per l'esordio al lungometraggio: la volontà però non era quella di realizzare un film totalmente autobiografico, ma servirsi del proprio vissuto da bambino per raccontare una storia d'amore tra ragazzini in un periodo particolare, quello dell'Argentina sotto la dittatura militare: romanzo di formazione anomalo, il film si serve di inserti animati per rappresentare la violenza e insiste naturalmente sul punto di vista del bambino protagonista. Consapevole dei rischi, Juan/Ernesto sarà comunque capace di contrapporre alla paura costante anche momenti di gioia e passione. Ed è questo il vero punto di forza di Infanzia clandestina, opera che inneggia alla libertà contrapponendo alla repressione l'arma della convinzione.