Il temibile Cobra Commander è ancora bloccato in una prigione segreta di massima sicurezza: i suoi alleati si stanno preparando non solo a farlo evadere ma anche a mettere sotto scacco l'intero pianeta, neutralizzando tutti i paesi dotati di arsenali nucleari. Per farlo, l'esperto in travestimenti Zartan prende il posto del Presidente USA e come prima cosa distrugge il gruppo speciale G.I. Joe, accusandolo di tradimento e eliminando la maggior parte degli elementi in un'imboscata nei deserti del Pakistan. I tre sopravvissuti - Roadblock, Flint e Lady Jaye - sono decisi a vendicare l'affronto e, soprattutto, a fermare per tempo la grave minaccia che incombe sul mondo.
Il secondo capitolo della saga sulle celebri action figures targate Hasbro, diretto stavolta da Jon Chu, mantiene quello che promette: azione e adrenalina sono le due parole d'ordine di un alfabeto cinematografico che - dovendo per natura fare i conti con un universo "giocattolo" - non si preoccupa poi molto di tradire i sacri comandamenti della verosimiglianza, chiedendo molto, moltissimo alla sospensione dell'incredulità. Ma è un tacito patto con lo spettatore, che probabilmente si sentirebbe tradito dal contrario: e allora spazio a vorticose battaglie sul flebile filo di uno strapiombo himalyano, al 3D più accessorio che reale strumento di racconto e a spaventose, spettacolari esplosioni. Il sangue non esiste, come in ogni battaglia-giocattolo che si rispetti, si sopravvive o si muore. Basterà scegliere da che parte stare: lo sa bene Storm Shadow, che sorprenderà l'arcinemico Snake Eyes e non solo. Lo sa bene Roadblock, il sempre più roccioso Dwayne Johnson, quando per cercare aiuto andrà a rispolverare dalla "pensione" il generale Joe, Bruce Willis, che forse già pensando al prossimo, terzo capitolo della saga, la butta lì a fine film: "Farò quello che mi ordineranno". Al produttore Lorenzo di Bonaventura l'ultima parola.